กองกฎหมายเป็นหน่วยงานหลักที่รับผิดชอบงานด้านกฎหมายของสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยามีภารกิจในการพัฒนา ตรวจสอบ ยกร่าง แก้ไข ปรับปรุงกฎหมาย การดำเนินการทางคดีและการดำเนินการเปรียบเทียบปรับบรรดาความผิดตามกฎหมายที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยามีหน้าที่รับผิดชอบ การให้ความเห็นทางกฎหมาย วินิจฉัย ตีความให้คำปรึกษาหารือปัญหาทางกฎหมายและแนวทางปฏิบัติ ในการดำเนินการให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยยา อาหาร เครื่องมือแพทย์ เครื่องสำอาง วัตถุอันตราย ยาเสพติดให้โทษ วัตถุที่ออกฤทธิ์ต่อจิต และประสาท สารระเหย ผลิตภัณฑ์สมุนไพร และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง การดำเนินการทางด้านคดีปกครอง การตรวจสอบนิติกรรมสัญญา การดำเนินการสืบสวนสอบสวนทางวินัยข้าราชการ ลูกจ้าง รวมถึงการบังคับใช้ และเผยแพร่ประชาสัมพันธ์ข้อกฎหมายที่อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา